O presidente da República de Portugal Marcelo Rebelo, que participou de todos os encontros do Papa durante a JMJ, o aguardava no Hangar da Base Aérea para uma breve troca de impressões. Antes de embarcar no avião da TAP Air Portugal, sempre acompanhado pelo presidente Rebelo, Francisco saudou as delegações presentes na pista e passou pela Guarda de Honra.
O avião decolou às 18h22, horário local. Depois de percorrer 1.968 km em 3 horas, o voo que o traz de Lisboa para Roma aterrissou no Aeroporto Fiumicino por volta das 22h20, horário italiano.
Durante o voo aconteceu a coletiva de imprensa, quando Francisco responde às perguntas de cerca de 75 jornalistas e agradece a eles seu trabalho.
